Rekonstruálták egy, az országban korábban kipusztultnak hitt, kertészeti jelentőséggel bíró vadon élő növényfaj, a csipkés gyöngyvessző genomját a Debreceni Egyetem (DE) kutatói. A minta begyűjtésétől, a DNS kivonásán át az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent a DE berkein belül készítettek el. Az erről szóló publikáció a Nature lapcsalád szakfolyóiratában, a Scientific Data-ban jelent meg.
A közlemény szerint 2020-ban vágott bele az egyetem kutatócsapata abba a munkába, amelynek a végeredményéhez hasonlót eddig még soha senki nem produkált hazánkban. Az első, Magyarországon összeszerelt nem-modell növényfaj genomjának (teljes bázissorrendjének) rekonstruálása és leírása egyedülálló a maga nemében – írták.
Különböző genomszekvenálási stratégiákat ötvöztek
“A növény genomjának jellemzését végeztük el, ami azért fontos, mert az élőlények DNS-e nagyon sok titkot elárul a gazdájukról. Minden korábbi módszernél jobban meg tudjuk ítélni a tanulmányozott faj környezeti igényeit, rokonsági kapcsolatait és hogy mekkora genetikai tartalékkal rendelkezik. Különböző genomszekvenálási stratégiákat ötvözve igen magas színvonalon tudtuk elvégezni a munkát. Így sokkal pontosabb képet alkothattunk a faj teljes genetikai állományáról” – mutatott rá Laczkó Levente, aki az egyetemen működő, kiváló minősítéssel elismert MTA-DE Lendület Evolúciós Genomikai Kutatócsoport tagjaként vállalt oroszlánrészt a genom karakterizációjában.
Hozzátette: a világ számára mindez azért fontos, mert egyre inkább felismerjük, hogy mi is részei vagyunk ugyanannak az ökoszisztémának, amelyben a minket körülvevő élőlényekkel élünk. Ezért is szeretnénk azt részletesen megismerni, hogy milyen az élőlények állapota az adott környezetben, ami a mi jóllétünket is befolyásolhatja – fogalmazott.
Sramkó Gábor, a kutatócsoport irányítója kiemelte: a minta begyűjtésétől a DNS kivonásán át, az adatok generálásáig, majd a bioinformatikai analízisig mindent házon belül csináltak.
Hazai környezetben maradt a megoldás
“Egyik folyamat során sem kellett igénybe vennünk egy gyakorlott külföldi szakember segítségét, ami arra utal, hogy Debrecenben képesek lehetünk betölteni azt az űrt, amely hazánkban nem-modell szervezetek genom összeszerelésének tekintetében megfigyelhető. Nagyon kevesen értenek ahhoz, miként is kell a nulláról összerakni egy genomot” – magyarázta.
A legtöbb állathoz képest a növények kifejezetten nagy kihívást jelentenek ebben a tekintetben. Magyarországon jelenleg még nincs meg az a szakembergárda, amely ezt magabiztosan meg tudná csinálni, ám egyetemünk úttörő lehet ezen a téren – fűzte hozzá a szakember. Azt is megemlítette, hogy szintén a Debreceni Egyetemen rakták össze elsőként hazánkban egy nem-modell állatfaj, a nagyfejű csajkó genomját. További részleteket a kutatásról az intézmény weboldalán lehet megtudni.
